Bonifācijs Daukšts dzimis 1950. gada 12. decembrī Aglonā. Viņš vienmēr lepojās ar savām latgaļa saknēm.
Daukšts studējis Latvijas Valsts universitātes Vēstures un filozofijas fakultātē, kur vēlāk strādājis par pasniedzēju.
1991. gadā pēc Latvijas neatkarības atjaunošanas viņš pievienojās Latvijas Republikas ārlietu dienestam.
Daukšts bija Ārlietu ministrijas Politiskā departamenta vadošais speciālists Austrumeiropas valstu lietās no 1991. līdz 1992. gadam, vēlāk Austrumeiropas nodaļas vadītājs un arī departamenta direktors.
1995. gadā Daukšts tika nosūtīts darbā Latvijas vēstniecībā Austrijā. No 1995. līdz 1996. gadam viņš veica arī pagaidu pilnvarotā lietveža pienākumus Ungārijā. Diplomāta karjeras laikā Daukšts bijis Latvijas Republikas pastāvīgais pārstāvis Starptautiskajā atomenerģijas aģentūrā Vīnē (IAEA), pirmais sekretārs Latvijas Republikas pastāvīgajā pārstāvniecībā Eiropas Drošības un sadarbības organizācijā (EDSO), kā arī padomnieks Latvijas Republikas vēstniecībā Lietuvā.
Daukšts nesavtīgi ieguldīja enerģiju un zināšanas jauno diplomātu skološanā laikā, kad atjaunotā Latvijas valsts spēra savus pirmos starptautiskos soļus.
Pēc diplomāta karjeras beigām Daukšts pievērsās akadēmiskajai darbībai – bijis Baltijas un Ziemeļvalstu vēstures un politikas pētījumu centra viceprezidents, Latvijas Okupācijas izpētes biedrības valdes priekšsēdētāja vietnieks, kā arī Publiskās atmiņas centra padomes loceklis kopš 2016. gada.
Daukšta sirdslieta bija dzeja; viņa dzejoļi publicēti latviešu periodiskajos izdevumos.
